A lisszaboni szerződés akkor léphet életbe, ha valamennyi tagország és az Európai Parlament ratifikálta. A dokumentum korszerűsíti és kiegészíti az EU korábbi legfontosabb szerződéseit, így az 1957-es római szerződést, az 1992-es maastrichti, az 1996-os amszterdami és a 2000-es nizzai szerződéseket. Uniós unikumként kötelezővé teszi a tagállamoknak az alapvető jogokról - benne a kisebbségekhez tartozó személyek jogainak védelméről - szóló charta alkalmazását, bár ez alól Nagy-Britannia és részlegesen Lengyelország felmentést kapott. A szerződés értelmében az eddigi féléves, soros elnökségek rendszere átalakul, egyszerre több tagállam irányítja majd az unió munkáját. A tagországok állam- és kormányfőit tömörítő Európai Tanács választja meg két és fél éves időszakra az EU elnökét, aki képviseli az Európai Uniót nemzetközi színtéren, és előkészíti az unió csúcsértekezleteit. A szerződés értelmében egyesítik a jövőben az EU kül- és biztonságpolitikai főképviselőjének, illetve a külkapcsolatok biztosának posztját, bár annak birtokosát nem nevezik külügyminiszternek. A tisztség mindenkori viselője egyúttal az Európai Bizottság alelnöke is lesz.

Hivatalossá teszi a dokumentum az EU közös pénzét, az eurót sajátként használó övezet pénzügyminiszteri tanácsának elnöki tisztét, amely szintén két és fél évre szól, de megújítható. Az Európai Bizottság csökkenteni fogja 2014-től biztosainak számát. Kevesebb lesz a parlamenti képviselő is: az Európai Parlament választott tisztviselői mostani 785 helyett 751-en lesznek.

A nemzeti parlamentek most először tényleges beleszólást kapnak az EU jogszabályalkotásába. Minden nemzeti parlament meg fogja kapni az EU-törvényjavaslatokat, hogy megítélhesse, nem csorbítja-e a tervezet a nemzeti törvényhozó testület illetékességi körét. Ha a nemzeti parlamentek egyharmada kifogásolja a javaslatot, akkor visszaküldik átdolgozásra az Európai Bizottsághoz. Nagyobb jogkörhöz jut az Európai Bíróság is, elsősorban a bel- és igazságügyi kérdésekben.

Nő azon döntéshozatali területek száma, amelyeken az egyhangú szavazás helyett többségi szavazással születhetnek döntések (elsősorban igazságügyi és belügyi kérdésekben). Nagy-Britannia és Írország fenntartotta magának a jogot, hogy csak akkor alkalmazza az ilyen döntéseket, ha jónak látja, de nincs lehetőségük arra, hogy más tagállamokra vonatkozóan is megakadályozzák egy-egy ilyen határozat érvényesülését. Külügyekben, adókérdésekben és uniós költségvetési témákban marad az egyhangúlagosság követelménye.

A szerződés új szavazási rendszert vezet be az EU intézményeiben. A kettős többség új szavazati rendje szerint a tagállamok minimum 55 százalékának támogató szavazata szükséges ahhoz, hogy elfogadtassék egy új EU-jogszabály, de ez az arány csak akkor elégséges, ha a támogató országok lakossága együttvéve legalább 65 százalékát teszi ki az unió összlakosságának. Az új szavazati rend 2014-től kezd életbe lépni, az áttérés 2017-ben fejeződik be.