A hiányosságok annak ellenére fennállnak, hogy az informatikai rendszer kiépítése több száz millió forintba került.

Bár a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ) honlapja szerint az általuk használt információs rendszer lehetővé teszi, hogy a pályázók könnyen, hatékonyan el tudják végezni munkájukat, a napi gyakorlatban ez a gördülékenység korántsem érvényesül. Az ügynökség által használt, több száz millió forintba kerülő Egységes Monitoring Információs Rendszer (EMIR) elvileg azt a célt szolgálná, hogy a felhasználókat támogassa és az adatok nyilvántartását és feldolgozását elősegítse, ennek ellenére a pályázati kiírások toldozgatása-foldozgatása, a kitöltőprogramok többszöri átírása, a módosítgatott beadási határidők, s az informatikai rendszer működési hiányosságai az NFÜ-n belüli fejetlenségre utal.

Szakértők szerint rendszeres problémát okoz, hogy az NFÜ a pályázatok kiírását követően módosít a kitöltőprogramokon, megváltoztatja az eredeti feltételeket, vagy a kitöltendő adatlapok nem is hozzáférhetők. Pályázatírók hangsúlyozzák: a gazdaságfejlesztési programok körüli informatikai hibákhoz képest szinte állatorvosi lónak számít az intelligens iskola pályázati kiírása.