A jogszabály a higanyhulladék biztonságos kezelésével, tárolásával is foglalkozik. A javaslat szerint a veszélyes anyagot sóbányákban, mély, felszín alatti, sziklás képződményekben kell majd tárolni, illetve felszín feletti létesítményekben, úgy, hogy biztosítják az emberi egészség és a környezet védelmét. A parlament első olvasatban azt is kérte, hogy a higany behozatalát is tiltsák be, ez azonban nem került bele a kompromisszumos szövegbe.

Szerepel benne viszont az, hogy az Európai Bizottság - az EU "kormánya" - a tagállamok és más érintettek bevonásával 2010-ig megvizsgálja, szükség van-e ilyen tilalomra.