Az alternatív üzemanyagok közül az USA-ban jelenleg az etanol a legkeresettebb. Szinte kizárólag kukoricából állítják elő, ami azonban gond, mert növeli az élelmiszerárakat és szennyezi a környezetet. A kutatók lázasan keresik az alternatív alapanyagot. A legvonzóbb nyersanyag a lignocellulózt tartalmazó biomassza - például hulladékfa, hulladékpapír, mezőgazdasági hulladék és az energiafüvek. A gond csak az, hogy az ezekben lévő cukor - nem úgy, mint a kukoricánál - hozzáférhetetlen.

A Puerto Rico-i Egyetem tudósa, Govind Nadathur szokatlan ökoszisztémákban és szokatlan szervezetekben kutatott kollégáival olyan enzimek után, amelyek segítenék kivonni ezeket a cukrokat. Meg is találták őket tengeri puhatestűek és termeszek emésztőrendszerében. Terveik szerint az enzimeket egy zárt rendszer egyik szakaszában használnák fel, amelynek során nemcsak etanolt állítanának elő, hanem cukrot, melaszt és biodízelt is.

A helyi földeken termő cukornád és a hibiszkuszvirág feldolgozása során temérdek hulladék, biomassza keletkezik. Az enzimek ezekből vonnák ki a cukrot és ezeket formálnák át etanollá, a közben keletkező szén-dioxidot pedig mikroalgák alakítanák át olyan polimerré, amelyet biodízellé vagy repülőgép-üzemanyaggá lehetne finomítani. Az elhasználódott algalével a következő évi cukornád- vagy hibiszkuszföldeket trágyáznák, és a kör ezzel bezárul. Így újra nyereséges lehetne az 1990-es évek közepén becsődölt Puerto Rico-i cukornádipar - vélekedik Nadathur. Jelenleg egy helyi céggel a kísérleti program 2009-es beindításán dolgoznak.

Egy másik ígéretes bioüzemanyag a hidrogén. Több autógyár állít már elő hidrogénmeghajtású járműveket - a hidrogén előállítása azonban vagy gazdaságtalan, vagy fosszilis üzemanyagból történik. Sergei Markov, az Austini Egyetem kutatója olyan bioreaktort fejlesztett ki, amely a Rubrivivax gelatinosus nevű bíborbaktérium segítségével állít elő hidrogént - utóbbival pedig kis motort hajtanak meg. A tavak és pocsolyák iszapjában élő baktérium egyes fajai ugyanis képesek vízből és szén-monoxidból hidrogént előállítani. A módszer egyetlen hátránya, hogy a szén-monoxid nehezen beszerezhető, de Markov szerint egy különleges termokémiai folyamattal biomasszából könnyen elő lehet állítani.