"Európa határok nélkül" - ez lesz az új cseh elnökség mottója, mely kifejezi Prága elkötelezettségét az új tagállamokat érintő munkaerő-piaci korlátozások megszüntetése, valamint az unión kívüli országokkal szembeni adminisztratív és kereskedelmi akadályok leépítése mellett.
A közép-európai ország nagy hangsúlyt fektet a leköszönő francia elnökségtől örökölt kezdeményezések folytatására, Prága bízik abban, hogy a francia elnökségnek sikerül kompromisszumra vezetni a tagállamokat a decemberi EU-csúcson az uniós energia- és klímacsomag rendelkezéseiről. A cseh elnökség támogatja a Bizottság múlt héten elfogadott gazdaságélénkítő intézkedéscsomagját is, azonban Prága - a jelenlegi francia elnökségtől eltérően - nem pártolja a túlzott állami beavatkozást.
Az új cseh elnökség a külkapcsolatokat - különösen az EU-orosz kapcsolatokat - is előtérbe helyezi. A külpolitika kiemelt területei közé tartozik majd a nyugat-balkáni bővítési folyamat, a Keleti Partnerség és a transzatlanti kötelékek fokozása is: kapcsolatok kiépítése az új Obama adminisztrációval, szorosabb gazdasági együttműködés Kanadával.
Miután a cseh alkotmánybíróság novemberben ismertetett véleménye szerint a Lisszaboni Szerződés nem ellentétes a cseh alkotmánnyal, 2009 elején sor kerülhet a szerződés parlamenti ratifikálására. Csehország európai uniós nagykövete szerint a parlamenti jóváhagyást követően Václav Klaus cseh köztársasági elnök is aláírja majd a dokumentumot. Korábban Klaus úgy nyilatkozott, hogy addig nem hagyja jóvá a Lisszaboni Szerződést, míg Írország nem ratifikálja azt.