A pálmaolajnak mindössze 15 százaléka származik olyan ültetvényről, ami bármilyen környezetvédelmi szabványnak megfelel. A maradék legnagyobb része a korábban esőerdőkkel borított területekről származik. Elméletileg az bioüzemanyagok használatából kisebb mennyiségű üvegházhatású gáz keletkezik, mint a fosszilis üzemanyagok esetében, mivel a nyersanyagul szolgáló növények szén-dioxidot kötnek meg növekedésük közben.

Az esőerdők kiirtásakor azonban a fákban és a talajban megkötött hatalmas mennyiségű szén szabadul fel. A pálmaolaj ültetvényeknek 840 évbe kerül, hogy felszívják az erdők égetéséből származó szén-dioxid mennyiséget. A trópusokon történő erdőirtások így az üvegházhatású gázok globális kibocsátásának 20 százalékáért felelősek.

A pálmaolaj ágazat növekedése a világ harmadik legnagyobb kibocsátójává emelte Indonéziát, ahol a leggyorsabb ütemben irtják az erdőket. Ennek következtében évente Wales méretű területen tűnik el az esőerdő az országban. Szumátrán az ültetvények gyors terjeszkedése miatt az orángután a kihalás szélére került. A múlt évben a brit autóipar 27 millió liter Indonéziából származó pálmaolajat használt el, és 64 millió litert, amely Malajziából származott. Ezen kívül az olajvállalatok további 32 millió litert adtak el, melynek ismeretlen az eredete.

Az olajvállalatok azért használják egyre nagyobb arányban ezeket a bioüzemanyagokat, hogy 2020-ra elérjék az Európai Unió által kitűzött 13 százalékos bioüzemanyag-arányt. Miközben a vállalatok jelenleg általában 5 százalékos arányban alkalmazzák a bioüzemanyagokat, erről nem kötelesek informálni a fogyasztókat. A pálmaolajat az ára miatt kedvelték meg, de a további haszon érdekében igyekeznek a legolcsóbb forrásokat megtalálni. Ez a legtöbb esetben kétes eredetű, a környezetvédelmi szabványoknak nem megfelelő bioüzemanyagokhoz vezet. A probléma, hogy az olajvállalatok eddig mindig tudtak olyan kiskapukat találni, melyek segítségével eltitkolhatják a pálmaolajat előállító ültetvény típusát, így tovább vásárolhatják ezeket a környezetre ártalmas olajokat.