A parlament számára az EU legfőbb végrehajtó intézményével való együttműködés szabályainak kijelölése olyannyira fontos volt, hogy az erről szóló megállapodás létrejöttét előfeltételül szabta az új összetételű Európai Bizottság testületének megszavazásához. A két intézmény között végül megegyezés született, és az ezt tanúsító plenáris állásfoglalás után immár semmi nem áll annak útjában, hogy az EP megerősítse tisztségében a José Manuel Barroso vezette új bizottságot.

A keretmegállapodás előírja majd, hogy erősítik az EP szerepét az uniós intézményrendszeren belül, és hogy a bizottság a tagállami kormányokat képviselő Európai Tanáccsal egyenrangú félként fogja kezelni a parlamentet.

Az EP jogkörének bővítése a tavaly december elsején hatályba lépett Lisszaboni Szerződés előírásain alapul, de az uniós intézmények közötti gyakorlati munkakapcsolat részletszabályait keretmegállapodásba kell foglalni. A megállapodás értelmében erősödik az EP jogszabályalkotást kezdeményező szerepe, a végrehajtó testület nagyobb felelősséggel tartozik az EP-nek, bővül a parlament mozgástere a külkapcsolatok terén.

Az EP lehetőséget kap arra, hogy betekintsen az összes olyan iratba, amely a Bizottság és az úgynevezett nemzeti szakértők közötti megbeszélések anyagait tartalmazza.

A létrehozandó uniós külügyi apparátust illetően a parlament nem tudta kiharcolni, hogy a leendő EU-nagyköveteket hallgathassa meg kinevezésük előtt saját szakbizottsága, arra viszont ígéretet kapott, hogy a kinevezési eljárás "átlátható" lesz.

Az EP plenáris napirendjébe beiktatnak olyan "kérdések óráját", amikor az egyes bizottsági tagokhoz is kérdéssel lehet fordulni, beleértve Catherine Ashton bizottsági alelnököt, kül- és biztonságpolitikai főképviselőt is.

Ha az EP arra szólítaná fel Barrosót, hogy vonja meg bizalmát valamelyik bizottsági tagtól, akkor ő köteles komolyan mérlegelni, kéri-e a biztos lemondását. Ha nem, akkor a következő parlamenti ülésszakon Barroso köteles megindokolni elutasító álláspontját.

Ha az EP valamilyen területen uniós jogszabály megalkotását kezdeményezi, akkor az Európai Bizottság három hónapon belül köteles érdemi választ adni. A jogszabálytervezet előterjesztésére alapértelmezés szerint egy éve van a végrehajtó testületnek. Ha viszont az Európai Bizottság nem kíván jogszabálytervezetet alkotni a témában, akkor ezt részletesen meg kell indokolnia az EP előtt.

A parlament a jövőben teljes körű tájékoztatást kap az Európai Bizottságtól a nemzetközi tárgyalások alakulásáról. Nemzetközi konferenciákon a bizottság megfigyelői jogállású helyet biztosít az EP képviselőjének.