Az Európai Bizottság ígérete szerint az EMCS bevezetésével a vállalkozások számára olcsóbbá és egyszerűbbé válik az alkohol- és dohánytermékek, illetve az üzemanyagok kereskedelme, amelyekre az uniós szabályok alapján a fogyasztás helye szerinti országban vetik ki a jövedéki adót.

Az elektronikus rendszer használatával a tagállamok is nyerhetnek, akik gyorsabban és könnyebben deríthetnek fényt a csalásokra.