A bioüzemanyagokat egyebek között olyan növényekből állítják elő, mint a repce, a kukorica vagy a búza, ám egyes tanulmányok szerint a biodízel-gyártás több kárt okozhat, mint hasznot, főként ha azt vesszük alapul, hogy ezen növények termesztése nem ritkán erdőirtáshoz vezet.

Az Európai Bizottság nemrég megjelent tanulmánya szerint ha a biodízel felhasználási aránya meghaladja a tradicionális üzemanyagok 5,6 százalékát, akkor az komolyan veszélyeztetheti a környezetet és az élelmiszer-termelést is.

Éppen ezért több európai parlamenti képviselő és néhány környezetvédelmi szervezet is mind nagyobb nyomás alá helyezi a Bizottságot a kvóta módosítása érdekében. De nem tétlenkedik a biodízel előállításában érdekelt mezőgazdasági lobbi sem, számukra ugyanis több milliárd euró a tét. A Financial Times Deutschland által ismertetett agrármemorandum szerint ha a Bizottság számításai nem a megfelelő irányba tendálnak, akkor az "kinyírhatja" az ágazatot.

A tagállamoknak egyébként júniusig dűlőre kell jutniuk, hogy miként is kívánják elérni a még 2008-ban kialkudott 10 százalékos bioüzemanyag-kvótát (ezt a mennyiséget az akkori megállapodásnak megfelelően 2020-ra kellene hozni).