A hatóságot a Mezőgazdasági Szakigazgatási Hivatal (MgSzH) és a Magyar Élelmiszerbiztonsági Hivatal (MÉBIH) összevonásával hozták létre. Az új szervezet célja, hogy a Magyarországon forgalomban lévő, illetve forgalomba kerülő élelmiszereket a kockázatelemzésen alapuló élelmiszerlánc-szemléletű vizsgálatokkal ellenőrizze, valamint az előállítókat és a forgalmazókat felügyelje. A miniszter hangsúlyozta: az élelmiszerbiztonság megőrzése, a lakosság minőségi és ellenőrzött élelmiszerekkel való ellátása kiemelt kormányzati cél, nemzetbiztonsági érdek.